El CIEM, administrativamente, depende del Vicerrectorado de Investigación y Transferencia del Conocimiento de la Universidad de Cantabria.

Cuenta con un Director y un Consejo Científico.

• El Director del CIEM es un matemático, profesor y/o investigador, nombrado por el Rector de la Universidad de Cantabria. Actualmente es Carlos Beltrán Álvarez.
• El Consejo Científico actualmente lo forman:
  • Eduardo Casas, Universidad de Cantabria
  • Juan A. Cuesta, Universidad de Cantabria.
  • Manuel de León, CSIC-ICMAT.
  • Laureano González, Universidad de Cantabria.
  • Tomás Recio, Universidad de Cantabria.
  • Francisco Santos, Universidad de Cantabria.
  • Luis Vega, BCAM.

La misión más importante del Consejo Científico es aprobar la programación anual del CIEM.